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一般认为，腐殖物质的分解、转化经历三个阶段。在第一阶段，腐殖物质经过物理化学作用和生物降解，使其芳香结构核心与其复合的简单有机物分离，或是整个复合体解体。在第二阶段，释放的简单有机物质被分解（矿化）和转化，酚类聚合物被氧化。最后一个过程是脂肪酸被分解，被释放的芳香族化合物（如酚类）参与新腐殖质的形成。

土壤腐殖物质抗微生物分解的能力很强。这是因为它是一类以芳香化合物或聚合物为核心，复合了其他类型有机物质（脂肪酸、蛋白质等）的有机复合体。而且腐殖质在土壤中与粘土矿物紧密结合，以有机-无机复合体的方式存在，例如氨基酸、多肽、蛋白质等含氮化合物与粘土矿物紧密结合后能抵抗微生物的降解。因而腐殖质在土壤中很稳定，分解速率很小，周转速度很慢。