有机质是土壤中最活跃的组成物质。一方面，外来有机物质不断地输入土壤，并经微生物的分解和转化形成新的腐殖质；另一方面，土壤原有有机质不断地被分解和矿化，离开土壤。进入土壤的有机物质主要由每年加入土壤中动植物残体的数量和类型决定，而土壤有机质的损失则主要取决于土壤有机质的氧化及土壤侵蚀的程度。进入土壤的有机物质与有机碳从土壤中损失之间的平衡决定了土壤有机质的含量。
有机物质进入土壤后由其一系列转化和矿化过程所构成的物质流通称为土壤有机质的周转。
当土壤有机质水平处于稳定状态时，土壤中有机质流通量达到土壤有机质含量所需的时间，称作土壤有机质的周转时间。由于微生物是土壤有机物质分解和周转的主要驱动力，因此，凡是能影响微生物活动及其生理作用的因素都会影响有机物质的分解和转化。
温度
温度影响到植物的生长和有机质的微生物降解。一般说来，在0℃以下，土壤有机质的分解速率很小。在0～35℃温度范围内，提高温度能促进有机物质的分解，加速土壤微生物的生物周转。温度每升高10℃，土壤有机质的最大分解速率提高2～3倍。一般土壤微生物活动的最适宜温度范围大约为25～35℃，超出这个范围，微生物的活动就会受到明显的抑制。
土壤水分和通气状况
土壤水分对有机质分解和转化的影响是复杂的。土壤中微生物的活动需要适宜的土壤含水量，但过多的水分导致进入土壤的氧气减少，从而改变土壤有机物质的分解过程和产物。当土壤处于嫌气状态时，大多数分解有机质的好氧微生物停止活动，从而导致未分解有机质的积累。
土壤有机质的分解和转化也受土壤干湿交替作用的影响。干湿交替作用使土壤呼吸强度在很短时间内大幅度地提高，并使其在几天内保持稳定的土壤呼吸强度，从而增加土壤有机质的矿化作用。另一方面干湿交替作用会引起土壤胶体，尤其是蒙脱石、蛭石等粘土矿物的收缩和膨胀作用，使土壤团聚体崩溃，其结果一是使原先不能被分解的有机物质因团聚体的分散而能被微生物分解；二是干燥引起部分土壤微生物死亡。
